Episodio_1 "unm4sk-pt1.tc"

Un breve flashback mostra che Tyrell ha registrato il video della fsociety la notte che ha visitato Elliot. Un mese dopo gli eventi della stagione 1, Elliot ha cambiato vita, ora vive diversamente, mantenendo una routine ripetitiva nel tentativo di indebolire l'influenza di Mr. Robot, il quale gli appare continuamente e lo tormenta, pur rifiutando di dirgli ciò che è successo a Tyrell. La fsociety, che continua ad agire sotto la guida di Darlene, hackera la smart hause dell'avvocato della E-Corp, Susan Jacobs, e la utilizza come base e punto d'appoggio nelle emergenze.

Episodio_2 "unm4sk-pt2.tc"

La fsociety ricatta Scott Knowles facendogli bruciare pubblicamente i 5,9 milioni di dollari in contanti del riscatto (hack della puntata precedente) mentre indossa una loro maschera. Angela prosegue la scalata all'interno della E Corp, contenta della sua nuova posizione aziendale, e sembra abbandonare la causa. Joanna riceve un regalo sulla soglia d'ingresso, un carillon con un cellulare nascosto sotto, ma perde la chiamata. Intanto, Elliot scopre di aver agito sotto l'influenza di Mr. Robot mentre pensava che stesse dormendo. Un uomo di nome Brock uccide Gideon, che in precedenza aveva minacciato di segnalare i comportamenti sospetti di Elliot quando lavorava alla Allsafe all'FBI e all'agente Dominique Dipierro. Elliot si risveglia da uno stato dissociativo al telefono e sente la voce di Tyrell che lo saluta: "Bonsoir Elliot".

Episodio_3 "k3rnel-pan1c.ksd"

Un flashback rivela che Romero voleva affittare la sala giochi a Mobley ma questo, invece, lo ha convinto ad entrare nella fsociety. Dopo una conversazione confusa con Tyrell al telefono, Elliot cerca di liberarsi completamente di Mr. Robot. Quando il telegiornale riporta la notizia della morte di Gideon, Elliot rimane scioccato. Più tardi, Mobley trova Romero morto in casa. Mobley e Trenton temono che la Dark Army stia dando loro la caccia e diventano sospettosi nei confronti di Elliot e Darlene. Dominique Dipierro fa delle fotografie ad una lista trovata sul tavolo del computer sulla scena del crimine che denota agenti dell'FBI e le loro informazioni. Ray è a caccia di un ingegnere informatico per i propri scopi sinistri e riesce a convincere Elliot ad aprirsi su Mr. Robot. Phillip Price invita Angela a cena e cerca di farle prendere la situazione meno personalmente. Dominique decide di proseguire l'indagine su Romero dopo aver trovato il suo nome sulla lista; durante la visita alla madre di Romero trova un manifesto per la "Festa per la fine del mondo" (End of the World Party), un indizio che la guida verso la sala giochi della fsociety.

Episodio_4 "init_1.asec"

L'episodio inizia con un flashback: il giorno di Halloween dello scorso anno, Mr. Robot è emerso per la prima volta e ha suggerito l'hack mentre Elliot stava indossando la maschera fsociety. Nel presente Mr. Robot afferma che se Elliot lo batterà a scacchi, egli lo abbandonerà per sempre. Anche se Krista sconsiglia di giocare questa partita, Leon gli dice di combattere per ciò che vuole; tuttavia le tre partite finiscono in tre situazioni di stallo. Dominique trova un bossolo di un proiettile nella sala giochi. Whiterose spinge Price a rimanere d'accordo sul programma stabilito e controllare l'FBI. Angela suppone con il suo avvocato che egli voglia "accordarsi" riguardo alla causa legale sulla fuga tossica dopo che lei aveva denunciato i dirigenti, ma Price rinnega completamente la sua teoria. Joanna è a corto di fondi e si reca da Scott per un accordo ma l'uomo rifiuta la sua offerta di testimoniare contro Tyrell in cambio dell'indennità di buonuscita dello stesso Tyrell. Cisco dice a Darlene che la Dark Army non avrebbe ucciso Romero, il cui omicidio potrebbe avere qualcosa a che fare con un programma di sorveglianza illegale dell'FBI chiamato Project Berenstain. Elliot accetta di aiutare Ray con il problema del suo computer, ma usa di nascosto il computer per contattare Darlene e hackerare l'FBI.

Episodio_5 "logic-b0mb.hc"

Elliot scrive il malware per hackerare l'FBI dal computer di Ray. Darlene dice ad Angela che può rimuovere i registri dell'FBI riguardanti il CD alla Allsafe se contribuisce, ma lei rifiuta. Il contatto di Joanna teme che l'FBI sia sulle loro tracce, così lei ordina di ucciderlo. Elliot dice a Ray che ha bisogno di parlare con il suo precedente tecnico informatico, "RT"; Ray accetta riluttante e porta "RT" da Elliot. Dom e il suo team compiono un viaggio in Cina per indagare sul coinvolgimento della Dark Army sull'hacking del 9 maggio. Lì, incontrano Zhang, il ministro cinese della Sicurezza dello Stato, che in realtà è Whiterose, con il quale Dom ha una conversazione privata. Il giorno dopo uomini armati attaccano l'ufficio, uccidendo la maggior parte della squadra di Dom. Joanna riceve una telefonata da qualcuno con il respiro pesante, da un numero sconosciuto. Dopo che il suo ex-fidanzato Ollie cerca di tradirla per consegnarla all''FBI con una registrazione, Angela decide di aiutare Darlene con l'hack. Elliot chiede a "RT" quello che è successo e RT gli rivela che Ray gestisce un sito nel Deep Web di mercato nero, traffico di droga, armi e schiavi del sesso. Quella notte, alcuni teppisti fanno irruzione in casa di Elliot, lo trascinano per strada, e lo picchiano mentre Ray gli ricorda che era stato avvertito di non guardare.

Episodio_6 "m4ster-s1ave.aes"

Elliot si ritrova in un mondo fittizio, in cui è in viaggio con la sua famiglia con Tyrell legato nel portabagagli in quella che sembra una commedia anni 80 con tanto di sigla (ispirata ad ALF). Mr. Robot lo incoraggia a guardare in avanti fino a quando egli è pronto a svegliarsi in ospedale. Infatti, dopo essersi risvegliato, è in ospedale in seguito all'aggressione commessa dagli uomini di Ray. Dopo essere stato rinchiuso da Lone Star, Elliot abbraccia Mr. Robot riconoscente per aver protetto la sua mente durante il pestaggio. Cisco riceve attrezzature dalla Dark Army per l'attacco della fsociety all'FBI, ma per aver fatto troppe domande gli viene infilato un ago nel dito. Dom è stata risparmiata nella sparatoria, in quanto entrambi gli aggressori si sono uccisi. Anche se l'attacco viene attribuito a separatisti cinesi, lei è determinata a indagare sulla Dark Army. Il congresso rifiuta di andare avanti con il "piano di salvataggio" di Phillip Price che prevedeva un prestito dalla Cina, poiché quattro agenti dell'FBI sono stati uccisi lì. Darlene e Mobley spiegano ad Angela come procedere per hackerare l'FBI, ma Dom appare poco prima che possa terminare. Un flashback rivela il giorno in cui il padre di Elliot gli aveva rivelato che era stato licenziato a causa della malattia, inoltre aveva lasciato scegliere ad Elliot il nome del suo nuovo negozio di computer.

Episodio_7 "h4ndshake.sme"

Angela, nonostante l'arrivo improvviso di Dom, riesce ad hackerare l'FBI, ma l'agente comincia ad avere sospetti su di lei, poiché il giorno dell'hacking ai danni dell'FBI si trovava proprio sul loro stesso piano. Tuttavia, non ha nessuna prova per incriminarla. Nel frattempo, Joanna dice al suo fidanzato che ha il modulo per il divorzio. Angela deposita la causa e utilizza ciò come leva su Price per essere riassegnata alla divisione Risk Management. Mr Robot confessa ad Elliot di aver sparato a Tyrell durante l'hacking a danno della E Corp. Ray costringe Elliot a rimettersi al lavoro sul suo sito illegale. Elliot, dopo aver concluso i lavori sul sito, invia un'email anonima all'FBI, facendo arrestare Ray e i suoi uomini. Elliot viene assalito da alcuni uomini i cui soldi sono spariti dopo la chiusura del sito di Ray, ma Leon salva il giovane hacker uccidendoli tutti e rivelando inoltre essere un uomo di WhiteRose: quest'ultimo ha mandato Leon affinché proteggesse Elliot. Leon dice ad Elliot che riceverà una lettera e dovrà fare ciò che dice. Si scopre inoltre che Elliot non ha mai vissuto con sua madre e che si trova in prigione sin dall'inizio, scusandosi con lo spettatore per la "bugia" da lui raccontata fino a quel momento. Vediamo così tutti i luoghi che Elliot era solito frequentare rivelarsi per quello che sono veramente; i bar, i centri di recupero e il campo da basket facevano parte del penitenziario in cui è rinchiuso.

Episodio_8 "succ3ss0r.p12"

La fsociety scopre che Project Bernstein è un progetto illegale della FBI atto alla sorveglianza di tre milioni di persone legato all'attacco hacker con 17 sospettati, uno dei quali deceduto; Mobley teme che il sospetto deceduto sia Romero presupponendo di conseguenza che l'FBI si stia avvicinando sempre di più a loro. La Fsociety rilascia sul web le informazioni sul progetto Bernstein causando l'indignazione di tutti verso l'FBI. Susan Jacobs tornando a casa sua scopre i membri di Fsociety che si erano impossessati della sua abitazione, decidono così di ricattarla per evitare che possa andare a denunciarli alle autorità, ma Darlene si ricorda di un video legato allo scandalo della fuoriuscita di sostanze tossiche della E Corp in cui si vedeva Susan ridere, così dalla rabbia decide di utilizzare un teaser su Susan che però ha un effetto fatale per via di un problema cardiaco della donna. Darlene e Cisco inceneriscono il corpo di Susan nell'inceneritore per animali, mentre Mobley e Trenton entrano nel panico. Dom interroga il proprietario della pistola rubata di Darlene e convoca Mobley per un interrogatorio, asserendo di essere ancora a caccia di Tyrell; Mobley non dice niente e a causa di insufficienza di prove Dom è costretta a rilasciarlo. Il ragazzo con cui Angela aveva un appuntamento si rivela essere un agente FBI, ma lei lo aveva piantato in asso durante la serata per un uomo anziano. Darlene scopre che Cisco la spiava ed intratteneva dei contatti con la Dark Army, così lo colpisce con una mazza da baseball, dopo avergli distrutto il PC.

Episodio_9 "init_5.fve"

Si scopre che fù la polizia a bussare a casa di Elliot alla fine dell'ultima puntata della prima stagione. Elliot viene arrestato per aver hackerato gli account dell'ex di Krista, Lenny Shannon, e al processo Elliot si dichiara colpevole dei reati imputatogli. Elliot viene condannato a 18 mesi di carcere, ma viene rilasciato dopo solo 86 giorni grazie all'aiuto della Dark Army; ad aspettarlo fuori dal carcere c'è sua sorella Darlene che informa Elliot che Mobley e Trenton sono scomparsi. Grazie all'aiuto di Cisco, riescono ad hackerare un telefono di un agente della Dark Army riuscendo a trasformarlo in una cimice da cui possono ascoltare l'audio che cattura, e ottengono un colloquio con uno di loro, in cui Elliot chiede di voler sapere cos'è la Fase 2. Angela riesce ad entrare in uno dei terminali della Ecorp, trovando dei documenti riguardanti la fuoriuscita di sostanze tossiche, così porta le prove che ha trovato all'FBI ma, ripensandoci all'ultimo, ritira le prove che aveva portato e se ne va. Darlene crede di aver lasciato a casa di Susan una cassetta della Fsociety in cui si vedeva il suo volto, incaricando Cisco di andarla a recuperare. Una volta sul posto, dopo aver recuperato il nastro, Cisco sente un respiro affannato di una persona proveniente dalla piscina, dove Darlene uccise Susan. Darlene ascolta tramite il telefono hackerato della Dark Army un dialogo in cui si dice che non aveva senso che Elliot avesse chiesto cos'era la fase 2, perché la fase 2 era una sua idea. Elliot mentre è quasi arrivato a casa sua vede che il suv di Tyrell è parcheggiato di fronte al suo appartamento, con a bordo Joanna e un'altra persona.

Episodio_10 "h1dden-pr0cess.aax"

Nell'appartamento di Susan Cisco trova Vincent, uno dei membri di fsociety, ma molto ferito; così egli lo porta da Darlene, che inizialmente si mostra titubante nell'aiutare Vincent portandolo in ospedale (perché l'ha vista in faccia e potrebbe denunciarla alla polizia) ma poi viene convinta da Cisco a portarlo al pronto soccorso. Dopo che l'FBI arriva a casa di Susan, diversi testimoni dicono di aver visto due uomini uscire dall'appartamento, uno dei quali viene ricondotto a Cisco tramite la descrizione del volto da parte di uno dei testimoni. Dominique si mostra contrariata nel rilasciare l'immagine che ritrae Cisco ai media, in quanto teme che i membri della Dark Army possano ucciderlo per non farlo parlare con la polizia: malgrado le preoccupazioni di Dominique, le informazioni vengono divulgate. Intanto, Joanna chiede l'aiuto di Elliot per cercare di rintracciare Tyrell attraverso il telefono che lei crede che sia stato spedito dal marito. Mentre Elliot e l'autista di Joanna si recano a comprare un computer, in quanto quello di Elliot è ancora nelle mani della polizia, il presunto telefono di Tyrell squilla, Elliot risponde ma sente solo un respiro affannato dall'altra parte; dopo aver terminato la chiamata, Mr. Robot sparisce. Tornato al suo appartamento col computer ed altre attrezzature, Elliot riesce a rintracciare la posizione del telefono, ma l'autista afferma che Tyrell non avrebbe mai chiamato dal luogo individuato. Subito dopo, Elliot incontra Angela in metropolitana che, ormai esasperata dalla situazione, gli dice di stare andando dal suo avvocato per confessare il suo ruolo nell'attacco informatico del 9 maggio a l'FBI, facendo rendere conto a Elliot che molti ricordi nella sua memoria sono stati cancellati. Dopo essersi scambiati un bacio i due si lasciano e, quasi in contemporanea, due persone salgono sulla metro e si muovono verso la donna. Dominique riesce a rintracciare Cisco e Darlene che si erano fermati ad un ristorante vicino all'ospedale in cui avevano portato Vincent ma, appena lei entra nel ristorante, si avvicina una moto con a bordo due persone, una delle quali scende armata di mitra e inizia a sparare verso di loro. Dopo aver sparato diversi proiettili viene ferito da Dominique; l'uomo, abbandonato dal complice che scappa con la moto, sta per essere catturato dalla polizia ma prontamente si suicida.

Episodio_11 "pyth0n-pt1.p7z"

Angela si ritrova in un furgone condotto da un uomo e una donna, che la porteranno in una misteriosa stanza di una casa fuori città; qui la ragazza subisce un interrogatorio da parte di una bambina attraverso frasi a risposta dettate da un programma informatico visualizzato tramite un Commodore. Finito l'interrogatorio, White Rose fa il suo ingresso nella stanza, vestito da donna, e annuncia di voler spendere 28 minuti per parlare con lei. Angela è convinta che vogliano da lei delle informazioni contenute in una chiavetta: in verità White Rose la sta convincendo a ingannare Phillip Price, che nel frattempo è riuscito a far regolamentare gli E-coins (la valuta virtuale simile ai bit-coin di proprietà della E-Corp) portandoli a pari valore con i dollari. Intanto, Elliot si risveglia nel suo appartamento, e ritrova Mr. Robot al computer che decifra un codice su un volantino. Questo codice lo porterà ad un taxi: Mr. Robot esce in direzione del taxi, seguito da Elliot. Costui perde di vista la sua seconda personalità, ma giunge comunque al taxi dove troverà Tyrell Wellick. Elliot da di matto, credendo di vedere un'altra persona immaginaria; entrambi scendono dal taxi a causa del tassista che si indispone alle grida di Elliot. L'episodio si conclude con Tyrell che parla della Fase 2.

Episodio_12 "pyth0n-pt2.p7z"

Elliot è con Tyrell Wellick: quest'ultimo gli racconta che quando era bambino, il padre gli cantava una filastrocca sulla "carriola rossa". Alla fine del ricordo, egli confida ad Elliot che odia suo padre. Intanto porta Elliot in un edificio e gli mostra a che punto sono arrivati con la fase 2. Darlene viene interrogata da Dominique, che con sicurezza afferma che le due sarebbero diventate amiche a fine giornata. Intanto Joanna va a casa di Scott Knowles: è lui che le ha inviato tutti quei regali. I due iniziano ad avere una colluttazione, prima a voce e poi Scott la pesta a sangue. Dominique mostra a Darlene come l'FBI fosse al corrente di ogni mossa della Fsociety. Elliot, preso dal dissidio con Mr. Robot, inizia a cancellare il malware creato per completare la fase 2. A quel punto Tyrell gli spara nonostante dica di volergli bene. L'episodio si conclude con Angela che chiama Tyrell, dicendogli che sta arrivando da Elliot. Nei titoli di coda, infine, Mobley e Trenton discutono su come sia possibile ripristinare i dati distrutti della Evil Corp quando vengono raggiunti da Leon.